Emprisonnés depuis 2 mois par des rebelles après une mission de sauvetage au Paraguay, McGee et son patron Gibbs tentent le tout pour le tout afin d’échapper à leurs ravisseurs. De son côté le Directeur Leon Vance recrute une ancienne connaissance, l’agent Jacqueline Sloane tandis que Ducky se rend dans son Angleterre natale laissant Jimmy Palmer responsable des autopsies. Tous devront se méfier du retour d’un vieil ennemi d’Abby dont le passage va laisser des séquelles désastreuses.
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